Главная страница описания Главная страница ЛТФ
Under construction!

Сервер THEOR

( новый базовый сервер Unix кластера ЛТФ )
2015 г.
  • Введение
  • Аппаратное обеспечение
  • Программное обеспечение
  • Электронная почта
  • Производительность
  • Доступ пользователей
  • Источники информации
  • Статистика загрузки theor


  • Введение

    Xeon Logo

    К концу 2014 г штатная тактовая частота новых процессоров приблизилась к рубежу в 4 ГГц. Но такие процессоры имеют от 2-х до 4-х ядер, так как интенсивное выделение тепла не позволяет разместить на одном кристалле большое количество ядер, работающих на высокой частоте. Конструктив современных процессоров ограничивает рассеиваемую корпусом процессора мощность (TDP) величиной 150 W, а для последних кристаллов малой площади и того меньше - 77 W. Превзойти эти величины можно повышая эффективность отвода тепла от корпуса процессора применяя охладители с жидким теплоносителем, однако, если исключить использование жидкого азота и др. криогенных жидкостей, то значительно увеличить допустимую рассеиваемую мощность не удаётся.

    Вместо увеличения тактовой частоты для повышения производительности компьютера в целом можно пойти по пути увеличения числа процессоров, и наиболее экономичным является размещение нескольких процессоров на одном кристалле (многоядерные процессоры), работающих на умеренной частоте. На этом пути уже несколько лет назад созданы многоядерные процессоры сначала для серверов, затем для настольных ПК, ноутбуков, а теперь и для планшетов и смарт-телефонов.

    Лидерами по количеству ядер на процессор и по количеству процессоров в системе являются, конечно, серверы (не считая специализированные вычислительные системы, такие, как графические карты, которые содержат сотни ядер). Однако увеличение количества процессорных ядер выгодно лишь при условии, что все ядра заняты вычислениями, что требует либо распараллеливания задачи на несколько одновременно исполняемых потоков вычислений, либо надо загрузить компьютер огромным количеством однопоточных задач.



    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Аппаратное обеспечение

    THEOR server

    Компьютер Theor представляет собой SuperWorkstation 7047GR-TRF производства Supermicro® с небольшими модификациями. Основой является высоконадёжная системная плата Supermicro® X9DRG-QF, допускающая установку до 2-х процессоров Xeon и до 16 модулей памяти с исправлением ошибок (ECC). Качество оборудования производства Supermicro продемонстрировано многолетней бесперебойной работой прежнего базового сервера ЛТФ Theor.

    На системной плате установлены 2 процессора Intel® Xeon® CPU E5-2690 с номинальной частотой 2.90 ГГц. В каждом процессоре по 8 ядер, представляющих полноценные вычислительные устройства. Таким образом Theor является, по сути, 16-ти процессорным сервером. Поддержка технологии HyperThreading отключена, т.к. она не даёт существенного прироста производительности и приводит к большему нагреву процессоров, уменьшая при этом максимально достижимую частоту ядер в турбо-режиме. В зависимости от суммарной загрузки процессора, отдельные ядра могут "разгоняться" до 3.9 ГГц в т.н. "турбо-режиме". При отключенном HyperThreading все ядра одновременно могут долговременно работать на частоте 3.3 ГГц.

    Объём установленной памяти - 256 ГБ (апгрейд 2016 г.). Максимальный объём поддерживаемой памяти при использовании 32 ГБайт модулей может достигать 512 ГБайт!

    Сервер theor имеет отсеки для установки 8 3.5''-дюймовых и для 8 2.5''-дюймовых SAS или SATA дисков. 16-портовый SATA/SAS контроллер LSI® SAS 9201-16i обеспечивает подключение всех дисков. В настоящий момент установлены 5 SAS дисков Seagate Cheetah ST3600057SS 15000 rpm по 600 ГБ (/home RAID5), два SATA диска WD1000CHTZ-0 по 1 ТВ (/scratch RAID0), четыре SAS диска TOSHIBA MBF260LRC по 600 GB (/data/theor RAID5) и один SSD диск 200 ГБ для размещения операционной системы. SAS диски объединеныe в отказоустойчивый RAID-5 массив обеспечивают скорость чтения больщих файлов до 700 МБайт/c.




    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Программное обеспечение

    Linux Logo

    Компьютер Theor работает под управлением 64-бит ОС Linux Debian 8 Jessie.


    Список наиболее важного прикладного программного обеспечения установленного на Theor:
    Название версия команда X11 документация комментарий
    Компиляторы с языков высокого уровня, средства разработки
    Intel Fortran 77, 90, 95 16.0 ifort   ifort -help, Guide ver.15, Other DOCs v.15 рекоменуемая оптимизация -fast'
    Intel C 16.0 icc   icc -help, Guide v.15  
    Intel C++ 16.0 icpc   icpc -help  
    Intel Fortran 77, 90, 95 15.0 ifort15   ifort15 -help, Guide ver.15, Other DOCs v.15 рекоменуемая оптимизация -fast'
    Intel C 15.0 icc15   icc15 -help, Guide v.15  
    Intel C++ 15.0 icpc15   icpc15 -help  
    GNU Fortran 77 4.9
    gfortran     о компиляторах GNU
    GNU C 4.9 gcc   man gcc, info gcc
    HTML
    рекомендуемая оптимизация '-O3 -mtune=core2',
    о компиляторах GNU
    GNU C++ 4.9
    g++   man g++, info g++
    HTML
    о компиляторах GNU
    GNU Debugger 7.7 gdb   man gdb, info gdb
    Debugging Intel Architecture with GDB
     
    Eclipse 3.8
    eclipse + Среда разработки JAVA
    geany 1.24
    geany + fast and lightweight IDE
    Библиотеки программ
    CERNLIB 2006.12.20 `cernlib` - Info in HTML
    ATLAS3 3.10
    - Docs in PS
    LAPACK 3.5
    - Docs HTML программы линейной алгебры
    BLAS 1.2
    - Docs in PS
    Intel Math Kernel Library
    -lmkl - Manual
    Системы аналитических и численных вычислений
    Mathematica
    11.0 Mathematica / math +/- Demo, Guide License Monitor
    Reduce Free CSL reduce
    xreduce
    -
    +
    info redref
    PDF, PS
    о Reduce
    Form
    4.0 form - PDF, HTML, Home
    Octave
    3.8 octave - HOME
    Scilab
    5.5 scilab + HTML Scientific software package for numerical computations, analog MATLAB
    Maxima
    5.3 maxima - HTML  
    PAW
    2.14 pawX11 +  
    PAW++
    2.14 paw++ +  
    ROOT
    5.34 root / root -b +/- Home, User Guide, Tutorials ROOT is a framework for data processing, born at CERN
    Браузеры, FTP, e-mail и т. п.
    Chromium
    37
    chromium/-
    + man iceape браузер
    Редакторы текстов
    Emacs 24 emacs +/- man emacs
    info emacs
     
    Visual Editor IMproved 7.4 gvim
    vim
    +
    -
    man vim  
    Системы подготовки и просмотра документов
    Libre Office 4.3 libreoffice
    lowriter
    localc
    loimpress
    lodraw
    lobase
    lomath
    loweb
    lofromtemplate
    + Libre Office - заменитель MS Office для Linux
    Libre Office Writer - заменитель MS Word
    Libre Office Calc - заменитель MS Excel
    Libre Office Impress - заменитель MS Powerpoint
    Libre Office Draw
    Libre Office Base
    Libre Office Math
    Libre Office Web - создание и редактирование web-страниц
    Libre Office FromTemplate
    Ghost Script 9. gs + man gs работа с PostScript файлами
    PDF tools evince
    okular
    xpdf
    qpdf
    pdfchain
    pdftk
    pdfsam
    pdf2djvu
    +
    +
    +
    +
    +
    -
    -
    -
    PDF PostScript Viewer for Gnome desktop
    PDF PostScript Viewer for KDE4 desktop
    PDF PostScript Viewer for other X Window managers
    tools for and transforming and inspecting PDF files
    graphical user interface for the PDF Tool Kit
    tool for manipulating PDF documents
    PDF Split and Merge
    PDF to DjVu converter
    DjVu viewer 4 djview + man djview просмотр DJVU файлов
    Графические средства
    GNU Image Manipulation Program 2.8 gimp + man gimp  
    Grace 5.1 grace
    xmgrace
    + HTML  
    X Fig 3.2 xfig + man xfig  
    GNU plot 4.6 gnuplot +/- man gnuplot  
    Файл-менеджеры
    Midnight Commander 4.8 mc - man mc, HTML со встроенным FTP клиентом
    "+" в колонке "X11" показывает необходимость системы X-Window для работы программы,
    "+/-" означает, что программа может работать, как в системе X-Window, так и в текстовом режиме.

    Fortran Сервер Theor обеспечивает отличную производительность для тех, кому необходимы вычисления с плавающей точкой. Большое количество процессорных ядер открывает возможности для ускорения расчётов путём распараллеливания. Для пользователей, желающих программировать на Fortran, естественно использовать компилятор от компании Intel. Компилятор поддерживает стандарты Fortran-77, -90, -95. Вызывается компилятор командой 'ifort' (Intel Fortran). Рекомендуется использовать опцию оптимизации '-fast'. Краткую справку по опциям командной строки можно получить по команде 'ifort -help'.Документацию по Intel Fortran можно найти на Web-страницах: "Intel(R) Fortran Compiler Documentation",   "Intel(R) Fortran Compiler for Linux - Top Technical Issues",   Intel(R) Fortran Compiler for Linux Product Manuals.

    Для полного использования возможностей компилятора и утилит Intel возможно потребуется установить переменные окружения для csh командой:
    source /opt/intel/bin/compilervars.csh intel64


    Mathematica - использует свободные сетевые лицензий, из числа доступных в ЛТФ. Текущее использование лицензий показывает License Monitor", а график поможет вам выбрать время, когда можно ожидать максимальную вероятность получения свободной лицензии в ваше распоряжение.


    Reduce Reduce на Theor - 64-разрядный, способен адресовать более 4 GB памяти.



    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Производительность

    Результаты некоторых тестов производительности (для одного ядра процессора):
    1) См. полный график результатов теста Linpack
    2) O.C. - означает OverClocked - повышенная частота


    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Доступ пользователей

    Все пользователи, зарегистрированные на Unix кластере ЛТФ, получают возможность доступа на Theor. Методы доступа аналогичны другим серверам ЛТФ.

    Для работы на Theor с программами, интенсивно использующими ввод/вывод данных из файлов, выделено пространство на локальном диске в директории /data/theor объёмом 2 Терабайта - на базе отказоустойчивого RAID-5 массива из четырёх SAS дисков - скорость линейного чтения - до 700 МБайт/с. Хранение на этих ресурсах данных, не связанных непосредственно с вычислениями, не допускается.



    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Источники информации



    Компьютерная группа ЛТФ

    11  марта 2013 г.

    e-mail: super@theor.jinr.ru, telepuzik@theor.jinr.ru e-mail yoda@theor.jinr.ru, godzilla@theor.jinr.ru

    Дата обновления: 2017-04-05 19:14:37

    Valid HTML 4.01!

    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ