Главная страница описания Главная страница ЛТФ

Сервер UP4M

Unix Pentium 4 Multi Processor

  • Введение
  • Аппаратное обеспечение
  • Программное обеспечение
  • Производительность
  • Доступ пользователей
  • Источники информации
  • Статистика загрузки
  • Наиболее производительные и рекомендуемые для расчётов серверы ЛТФ: i7a и i7b, DXCore, Opteron1 и Opteron2,

    Введение

    Intel Inside Xeon   Корпорацию Intel можно по праву назвать лидером индустрии персональных компьютеров. Процессоры от Intel имеют самые высокие на сегодня (2003 г.) тактовые частоты. Правда, самая высокая тактовая частота процессора не всегда гарантирует наивысшую производительность на конкретных приложения, что демонстрирует конкурент Intel - компания AMD со своим процессором Athlon. Процессоры от Intel, предназначенные для многопроцессорных конфигураций, имеют обозначение Pentium 4 Xeon. Кроме процессоров Intel давно и успешно разрабатывает и другие компоненты для серверов: системные наборы микросхем, сетевые и дисковые контроллеры, системные платы и, даже, компьютерные корпуса. Если бы не антимонопольные ограничения, Intel могла бы стать крупнейшим в мире производителем серверов, на деле же сборкой серверов под собственной маркой, но из компонентов от Intel, занято большое число фирм во всём мире. Благодаря Intel, производство серверов начального и среднего уровня стало действительно массовым, что привело к снижению цен на этот класс компьютеров.

    Долгое время серверы начального уровня от Intel обладали невысокой производительностью памяти. В более производительных моделях для преодоления этого недостатка использовались сложные и дорогие наборы микросхем. С разработкой Rambus памяти (модули типа RDRAM), производительность памяти резко увеличилась. Однако, инициатива Intel по внедрению Rambus памяти не была встречена с большим энтузиазмом производителями ПК по причине высокой цены такой памяти. Примерно в то же время появилась более дешёвая DDR память, призванная решить ту же проблему, и сейчас эта память наиболее популярна при создании ПК. Однако, по скоростным параметрам, Rambus память пока превосходит доступную DDR память, поэтому для серверов первая является наилучшим выбором на сегодня (2003 г.).

    В рамках проекта UP4M (UNIX Pentium 4 Multi Processor) вниманию пользователей ЛТФ предлагается первый в Лаборатории компьютер 'up4m' на базе высокопроизводительных микропроцессоров Pentium 4 Xeon работающий под управлением ОС Linux.


    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Аппаратное обеспечение

    up4m in TS530 rack-mount case

    В компьютере 'up4m' установлены два процессора Pentium 4 Xeon работающие на частоте 2.2 GHz. Каждый процессор оснащён кэш-памятью второго уровня объемом 512 kB. 'Up4m' укомплектован 2 GB двухканальной оперативной памяти типа RDRAM (Rambus память), жестким диском Seagate 36 GB Ultra320 SCSI 10000 об./мин.(ST336607LC), Ultra-160 SCSI PCI-64 контроллером Adaptec 29160, сетевыми адаптерами Fast Ethernet Intel EtherExpress Pro и D-Link DGE-550T Gigabit Server NIC (апгрейд 2004 г). Основой компьютера является системная плата Supermicro P4DCE, построенная на наборе микросхем Intel i860. Смонтирован компьютер 'up4m' в корпусе TS530 высотой 4U, предназначенном для монтажа в 19-ти дюймовую стойку. Сборка и поставка компьютера произведены московской фирмой "Сумма Технологий - Серверные Системы".








    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Программное обеспечение

    Linux logo Компьютер 'up4m' работает под управлением ОС Linux, которая знакома пользователям ЛТФ по компьютерам 'unas1' и 'unamp'. По системе команд Linux также очень близок к операционной системе Solaris установленной на всех компьютерах Sun Microsystems. Некоторые отличия в работе команд с одними и теми же названиями, тем не менее, имеются. Эти отличия, скорее косметического, а не принципиального характера. Для получения справки по командам Linux следует использовать команду 'man command_name' на компьютере 'up4m'. Некоторые программные пакеты (g77, gcc, reduce и др.) сопровождаются документацией, к которой можно обратится командой 'info', например 'info g77'.

    Следует обратить внимание пользователей на то, что в силу фундаментальных различий между процессорами Pentium 4, процессорами Alpha и процессорами SPARC (на машинах Sun), транслированные программы в машинных кодах (исполняемые файлы, а также объектные модули и библиотеки) можно использовать только на том процессоре, для которого они предназначены. Отличить файлы с машинными кодами для разных архитектур можно командой 'file program_file_name'. По основному набору команд процессор Athlon (компьютер 'unamp') относится к архитектуре Intel, поэтому в большинстве случаем программы переносимы с 'unamp' на 'up4m' и обратно. Исключением являются некоторые программы, использующие расширенный набор инструкций Pentium 4 или Athlon, которые могут быть совместимы только со своим "родным" процессором.  На приведенном ниже примере, видно различие в типах файлов содержащих исполняемый код для команды 'diff' на трёх разных машинах:

    thsun1:> file /usr/bin/diff
    /usr/bin/diff: ELF 32-bit MSB executable SPARC Version 1, dynamically linked, stripped

    unas1:> file /usr/bin/diff
    /usr/bin/diff: ELF 64-bit LSB executable, Alpha (unofficial), version 1, dynamically linked (uses shared libs), stripped

    unamp:> file /usr/bin/diff
    /usr/bin/diff: ELF 32-bit LSB executable, Intel 80386, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), stripped

    up4m:> file /usr/bin/diff
    /usr/bin/diff: ELF 32-bit LSB executable, Intel 80386, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), stripped

    В противоположность программам в машинных кодах, одни и те же файлы с текстовыми сценариями (scripts) для командных процессоров sh, bash, csh, tcsh, как правило, одинаково работают, как под Solaris, так и под Linux. Это утверждение справедливо и для сценариев языка Perl, а, с некоторыми оговорками, для AWK и MAKE (одинаково ведут себя GNU AWK 'gawk' и GNU MAKE 'gmake').

    Список наиболее важного прикладного программного обеспечения установленного на UP4M:
    Название  версия  команда   X11  документация  комментарий 
     Компиляторы с языков высокого уровня, средства разработки
    Intel Fortran 77, 90, 95 9.0 ifort   ifort -help, DIR рекомендуемая оптимизация '-fast -march=pentium4'
    Intel C/C++ 9.0 icc   icc -help  
    Intel debugger 9.0 idb   idb -help  
     Intel Fortran 77, 90, 95   6.1  ifc    ifc -help, PDF рекомендуемая оптимизация '-O2'
     Intel C/C++  6.01  icc    icc -help  
     GNU Fortran 77  3.4.5  g77
     man g77, info g77
      HTML
    о компиляторах GNU
     GNU C  4.0.1  gcc
     man gcc, info gcc
      HTML
    о компиляторах GNU
     GNU C++  4.0.1  g++
    man g++, info g++
    HTML
    о компиляторах GNU
     GNU Debugger  6.3  gdb
     man gdb, info gdb
     Системы аналитических и численных вычислений
     Reduce  3.7  reduce
     xreduce
    -
    +
     info redref
    PDF, PS
     о Reduce
     Form  3.1  form
    PDF текст лицензии, ещё о Form 3
     Mathematica  4.1  Mathematica  +

     Mathematica Kernel  4.1  math -

     Octave  2.1  octave -

     MuPad  2.0.0  mupad -

     Maxima  5.9  maxima
     xmaxima
    -
    +
     info maxima
     man maxima

     ROOT  4.00/00  root -b
     root
    -
    +
     HTML объектно-ориентированная система для
    численных расчётов с графическими
    возможностями, C/C++ интерпретатор
     Браузеры, FTP, e-mail и т. п.
     NcFTP  3.1  ncftp

    FTP клиент для текстового режима
     Lynx  2.8.4  lynx
    man lynx браузер для текстового режима
     Редакторы текстов
     Emacs  21.3  emacs +/- man emacs
    info emacs

     Visual Editor IMproved  6.2  vim
    man vim
     Системы подготовки и просмотра документов
     Ghost Script  7.07  gs +/- man gs работа с PostScript файлами
     Acrobar Reader  5  acroread +
    просмотр PDF файлов
     Графические средства






     GNU plot  3.7  gnuplot +/- man gnuplot
     Файл-менеджеры
     Midnight Commander  4.6.1  mc - man mc, HTML со встроенным FTP клиентом
    File Explorer 0.6 xfe + man xfe  
    "+" в колонке "X11" показывает необходимость системы X-Window для работы программы, "+/-" означает, что программа может работать, как в чисто текстовом режиме, так и в системе X-Window.

    Fortran Процессор Pentium 4 предлагает очень хорошую производительность для тех, кому необходимы вычисления с плавающей точкой. Для пользователей, желающих программировать на Fortran, компания Intel разработала версию компилятора для архитектуры Linux/Intel. Компилятор поддерживает стандарты Fortran-77, -90, -95. Вызывается компилятор командой 'ifort' (Intel Fortran Compiler). Рекомендуется использовать, по крайней мере, опцию оптимизации '-O2 -march=pentium4'. Краткую справку по опциям командной строки можно получить по команде 'ifort -help'. Руководство пользователя и другую полезную документацию по данному компилятору Fortran v. 9.0 можно найти в каталоге http://thproxy.jinr.ru/pub/doc/fortran/intel/linux/docs90/. Дополнительную полезную информацию можно поискать на Web-страницах: "Intel(R) Fortran Compiler Documentation" "Intel(R) Fortran Compiler for Linux - Top Technical Issues" "Intel(R) Fortran Compiler for Linux Product Manuals".

    GCC logo

    GNU компиляторы С(gcc) и С++ (g++) Для достижения максимальной производительности программ рекомендуется при компиляции, кроме общих флагов оптимизации '-O' или '-O2', использовать флаг '-mcpu=i686'.

    Form v. 3  на 'up4m'тот же, что для всех 32-разрядных процессоров Intel и идентичен тому, что установлен на 'unamp'. В процессе работы Form интенсивно использует чтение-запись во временные файлы, поэтому, чтобы не замедлять работу программы и не перегружать сеть, следует либо запускать Form на 'up4m' на локальном диске в подкаталогах каталога /datab, либо задавать каталог для временных файлов /tmp с помощью ключа '-t /tmp' или в файле установок, например, form.set с помощью строки 'tempdir /tmp'. На файл установок должна указывать переменная FORMSETUP. Задать свой файл установок можно либо устанавливая значение этой переменной командой 'setenv FORMSETUP form.set', либо указывая имя файла в командной строке после ключа '-s'. Следует обратить внимание на то, что синтаксис языка Form в версии 3 несколько изменился по сравнению с версией 2, для преобразования прежних программ в новый вид можно использовать утилиту 'conv2to3'.

    ZIB

    Reduce v. 3.7  на 'up4m' тот же, что для и на 'unamp', и, как все 32-разрядные версии Reduce, имеет характерное ограничение в 128 МБайт на доступный для вычислений объём памяти. По умолчанию скрипт /usr/local/bin/reduce задаёт максимальный объём используемой памяти равный 16 МБайт. Для увеличения этого объёма вплоть до предела в 128 МБ следует запускать Reduce другим скриптом, указав в командной строке запуска 'bpsl' после ключа '-td' необходимый объём в байтах. Задачи, требующие для решения более 128 МБ памяти, следует запускать на компьютере 'unas1'.

    Mathematica Logo

    MathematicaКомпьютер 'up4m' демонстрирует превосходную производительность на пакете Mathematica. На 'up4m' установлена версия 4.1 для Linux. В системе предустановлена лицензия на запуск двух ядер (kernel) и двух графических интерфейсов (front-end) пакета Mathematica. Лицензии могут быть использованы любым пользователем, никаких дополнительных настроек не требуется. Для работы с front-end (запускается командой 'Mathematica') требуется использование системы X-Window, для работы в текстовом режиме достаточно любого терминала и соединения по ssh (в этом случае используется команда 'math'). Пользователям, часто и длительное время пользующимся пакетом Mathematica, рекомендуется получить индивидуальные лицензии. Координатором выдачи лицензий для Mathematica в ОИЯИ является Владимир Гердт, ЛИТ, gerdt@jinr.ru.


    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Производительность

    Благодаря высокой тактовой частоте процессоры Pentium 4, установленные в компьютере 'up4m', потенциально обладают уникальной пиковой производительностьюОднако, для достижения пиковой производительности вычислительные конвейеры процессора должны быть загружены на 100%, что далеко не всегда достигается при решении реальных задач. Такие детали архитектуры процессора, как эффективнось и объём кэш-памяти,  эффективность предсказания ветвлений,  задержки (латентность) в работе подсистем процессора зачастую являются определяющими для быстродействия при решении широкого класса задач. По этой причине процессор Pentium 4 может уступать в производительности своему конкуренту - процессору Athlon, даже если последний работает на более низкой частоте. Для некоторых задач наиболее узким местом становится производительность основной памяти (RAM). Для таких задач компьютер 'up4m' располагает, непревзойдённой на сегодня по быстродействию, двухканальной памятью типа RAMBUS (RDRAM) с тактовой частотой 400 MHz и пиковой полосой пропускания  3.2 GByte/sec. Благодаря скоростной памяти и высокой тактовой частоте процессора, 'up4m' практически не оставляет шансов своим предшественникам - компьютерам 'unas1' и 'unamp'. Превосходство нового лидера иногда может быть 3-4 кратным (см. таблицу с тестами).

    Быстродействующий Ultra160 15000 об./мин. SCSI диск, установленный на 'up4m' обеспечивает чтение и запись данных в файлы со скоростью примерно 30-160 MB/sec.

    Результаты некоторых тестов производительности:
    Тест, компилятор / Компьютер, процессор Up4m
     Pentium 4 Xeon 
    2.2 GHz
    Unamp1)
    AthlonMP 2800+
    2.1 GHz
    Unas1
     Alpha 21264A 
    750 MHz
    Thsun5
     Ultra SPARC 
    750 MHz
    PC-2002
    Pentium 4 
    1.8 GHz
    Whetstone, Fortran2) 2300 mln. 4000 mln. 1750 mln. 470 mln. ? mln.
    Linpack 100x100 matrix, Fortran2) - - 300 MFlops ~300 MFlops -
    Linpack 1000x1000 matrix, Fortran2) 300 MFlops 118 MFlops 185 MFlops 153 MFlops 167 MFlops 
    Linpack 200x200 matrix, C 850 MFlops 980 MFlops 290 MFlops 167 MFlops 680 MFlops
    Linpack 4000x4000 matrix, C 210 MFlops 114 MFlops 150 MFlops 58 MFlops 165 MFlops
    Fast Fourier Transform 106 points, Fortran2) 1.5 sec 2.0 sec 3.0 sec 3.2 sec 2.05 sec
    Fast Fourier Transform 20011 points, Fortran2) 3 sec 5.2 sec 5.4 sec 9.4 sec 2.5 sec
    Fast Fourier Transform 106 points, C++ 1.57 sec 2.1 sec 3.0 sec 3.7 sec 2.2 sec
    Fast Fourier Transform 20011 points, C++ 3.6 sec 5.6 sec 6.2 sec 9.3 sec 2.9 sec
    int(1/(sin(x)^31*cos(x)^47),x)$, Reduce 3.7  2.5 sec 1.34 sec 4.3 sec 6.1 sec 3.1 sec
    Integrate[1/(Sin[x]^31*Cos[x]^47),x], 
    Mathematica 4
    0.66 sec 0.52 sec 1.8 sec 2.4 sec 0.82 sec
    f=(a+b+c+d)^50, Form 3 0.64 sec 0.43 sec 0.72 sec 1.5 sec 0.79 sec
    Примечания:
    1) Обновлённый в 2004 г сервер Unamp
    2) Тесты на Fortran, C и C++ проводились с двойной точностью. Использовался Intel Fortran 6.0 для Linux/x86.

    См. также график результатов теста Linpack
    См. также описания новых компьютеров: Opteron1, Opteron2 и DXCore.

    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Доступ пользователей

    Все пользователи, зарегистрированные на Unix кластере ЛТФ, автоматически получают доступ к компьютеру 'up4m'. Для входа на 'up4m' можно воспользоваться ssh (в пределах сети ОИЯИ). Можно также войти на любую машину кластера ЛТФ, затем набрать команду 'rlogin up4m', пароль для входа на 'up4m' при этом не требуется. Если вы используете систему X-Window, то вместо 'rlogin up4m' удобнее воспользоваться командой 'xon up4m', при этом на 'up4m' запустится программа 'xterm', которая создаст новое окно, в котором вы окажетесь уже на компьютере 'up4m'. Домашние директории пользователей на 'up4m' одни и те же для всего кластера Unix ЛТФ. Для работы на 'up4m' с программами интенсивно использующими ввод/вывод данных из файлов выделено пространство на локальном диске в директории /data/up4m. Этот диск доступен также на других компьютерах кластера в директории /data/up4m. Для получения права записи на /data/up4m следует обратиться к системному администратору кластера ЛТФ. Хранение в '/data/up4m' данных, не связанных непосредственно с вычислениями на 'up4m', не допускается. Компьютер 'up4m' предназначен для численных и аналитических расчётов и на нём не следует запускать иные программы потребляющие значительное количество процессорного времени или памяти.
    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ

    Источники информации


    Компьютерная группа ЛТФ

    5 января 2003 г.

    e-mail: super@theor.jinr.ru, telepuzik@theor.jinr.ru e-mail yoda@theor.jinr.ru, godzilla@theor.jinr.ru

    Дата обновления: 2014-04-10 17:54:55

    Valid HTML 4.01!

    Вверх Главная страница описания Главная страница ЛТФ